En los salones del Consejo Local de Deportes de Linares, Carlos Aburman junto al Presidente de la Asociación de Fútbol local, Emilio Fuente, citaron a las directivas de los clubes de fútbol "Arturo Prat", "Español" y "Olimpia" para estudiar y concretar la fusión de estas tres instituciones y así formar un club profesional para competir en la Segunda División del fútbol chileno. Aquella reunión fue el día 19 de noviembre de 1955.

Se dieron varios nombres para bautizar al club: "Unión Linares", "Provincial Linares", "Linares Unido", "General Ibáñez". Al final, Luis Pereira, representante del Arturo Prat, propuso Lister Rossel, nombre de un médico pediatra linarense, deportista, delegado del fútbol amateur en la ANFA y en la Federación de Fútbol de Chile. Como colores se adoptaron aquellos de los tres fundadores: blanco, rojo y azul.

En 1956 comenzó su actividad en su asociación de fútbol local. Luego de traer refuerzos extranjeros y formar una selección de jugadores locales, el año 1957 es autorizado por la ACF para debutar en el torneo de Segunda División del fútbol chileno, descendiendo en ese mismo año a su asociación de origen, tras una mala campaña. En 1958, ingresó al Campeonato Regional de Concepción, cumpliendo una buena campaña, lo que motivó su repostulación al Ascenso, la que fue aceptada. Regresó a Segunda el año 1961.

En 1964 estuvo a punto de ascender a Primera División, cuando quedó ubicado en el 2º lugar de la tabla, separándolo 4 puntos del líder y ascendido O'Higgins. Pero fue en 1968 cuando tuvo su mejor opción de ascender a la división de honor del fútbol chileno. Quedó en el primer lugar de la tabla de clasificación y entró al grupo de promoción. Allí terminó en el 4º lugar, lejos del campeón de ese año que fue Deportes Antofagasta.

Hacia 1974, y luego de una reunión de varias autoridades locales en la Municipalidad de Linares, se decidió el cambio de nombre a Club de Deportes Linares, ya que representaba mejor a la ciudad y sus alrededores. En aquella época, la Asociación Central de Fútbol recomendaba usar el nombre de las provincias para bautizar a los clubes deportivos.

El año 1979 terminó último en el campeonato, pero no descendió, ya que en esa temporada se extenderían los cupos para la Segunda División.

Luego de una muy mala campaña en Segunda, Deportes Linares desciende a Tercera División en 1991 junto a Cobreandino, Lozapenco y Deportes Ovalle. En 1992 el equipo cambia su nombre a Club Deportivo y Social Frutilinares. Después de tres temporadas en esa categoría, obtiene el título de Tercera División y su regreso a la Segunda División.

Pasó varios años en la medianía de la tabla de posiciones, con pocas opciones de ascender a Primera. El año 2001 cae nuevamente a Tercera División, luego de ser sufrir una derrrota de 2 goles a 1 en la última fecha por Provincial Osorno.

Durante sus años en la Tercera División, el club ha pasado por varias dificultades económicas. El 27 de febrero de 2006 el club pasó a denominarse oficialmente como Club Deportivo Linares Unido, como una forma de lograr un mayor sentimiento de representación ante la ciudadanía.

La temporada 2008 fue negativa para Linares Unido. No accedió a los play-offs de ascenso y quedó relegado al grupo permanecía, que definía a los equipos que permanecían en Tercera, descendían a la nueva Tercera B (una versión reeditada de la antigua Cuarta División) o regresaban a su asociación de origen.

En ese grupo tuvo un irregular rendimiento y descendió a Tercera B, aunque a principios de 2009, con el retiro de la Universidad Arturo Prat de la Tercera A, quedó un lugar vacante y se realizó una liguilla con 4 aspirantes al cupo. La liguilla fue ganada por Linares a penales en una electrizante final su figura fue el portero Luis Borgoño uno de los mejores jugadores del año 2009 y asi aseguró un año más en la Serie C del fútbol chileno.

En el Torneo 2010, el equipo realiza una irregular campaña, finalizando la Primera Fase en el sexto puesto con 15 puntos, lo que significó quedar fuera de la lucha por el ascenso y pelear en la liguilla de descenso a Tercera B. En esa instancia no logra un buen nivel y queda en último lugar, obligándolo a ir a un partido de definición con Deportes Quilicura para no caer a la cuarta categoría, donde cae de local por 3-1 y triunfa en los 90' de visita, aunque pierde en el alargue por 0-2. Con esto, Linares Unido desciende a la Tercera B.

Tras el descenso, el club retoma el nombre de Deportes Linares. El 15 de octubre de 2011, logra regresar a la Tercera A, tras vencer en su visita a Ferroviarios por 0-3. El club vuelve a la tercera categoría tras un año en la Cuarta División. El día 29 del mismo mes se proclama campeón de la división tras vencer 4-1 a Sportverein Jugendland en Peñaflor.